La meilleure période pour visiter Cuyabeno est pendant la saison sèche, qui s'étend d'octobre à mars, ou pendant les mois intermédiaires juste en dehors de cette période.Pendant la saison sèche, les niveaux d'eau dans les lagunes et les rivières sont plus bas, ce qui facilite l'observation de la faune concentrée autour des sources d'eau restantes. Il fait aussi généralement plus ensoleillé, ce qui est excellent pour les activités comme le canoë et les promenades dans la jungle. De nombreux voyageurs trouvent l'humidité réduite pendant cette période plus confortable.Pour ceux qui recherchent une expérience légèrement différente, la saison des pluies, d'avril à septembre, offre des niveaux d'eau plus élevés. Cela permet une exploration en canoë plus étendue à travers les forêts inondées, atteignant des zones qui pourraient être inaccessibles pendant la saison sèche. Bien qu'il y ait plus de pluie, elle se présente souvent sous forme de courtes et intenses averses, et la jungle est à son apogée de luxuriance.