Sainte Agnès est une martyre romaine très célèbre et vénérée : il y a de bons éléments pour croire qu’elle était une martyre à l’époque de Decius ou de Valériane, même si certains la considèrent comme une victime de la persécution de Dioclétien.
Elle mourut alors qu’elle n’avait que 12 ans : le pape Damase fait référence à un pieu dans lequel la sainte se serait jetée. Après son martyre, le corps de la petite Agnès a été placé dans un hypogée appartenant à sa famille, à gauche de la Via Nomentana, où il y avait déjà une nécropole de surface avec des tombes individuelles et des mausolées.
À partir de cet hypogée original, avec l’insertion de la tombe vénérée, un vaste réseau de catacombes communautaires se développera bientôt sous terre.
L’objet d’une attention particulière était la tombe d’Agnès qui à l’époque du pape Liberius était décorée de dalles de marbre : l’une de ces dalles est probablement celle actuellement exposée dans l’escalier d’entrée de la basilique honorifique et qui représente une jeune fille en attitude de prière entre deux panneaux avec un motif géométrique.
Le pape Damasusalso est intervenu sur la tombe d’Agnès : l’inscription qu’il a dédiée au martyr est maintenant affichée dans l’escalier.
La profonde dévotion que les Romains ont nourrie au cours des siècles pour la jeune martyre a contribué à embellir son sanctuaire avec une série de bâtiments à la surface.
À une courte distance de l’enterrement vénéré du martyr, peut-être dans une propriété impériale, une basilique en forme de cirque romain avec un atrium a été construite à la demande de Constantin (ou Constance), fille de l’empereur Constantin et grande dévote d’Agnès.
Honorius I a élevé la basilique actuelle sur la Via Nomentana qui est semi-souterraine, accessible depuis l’escalier majestueux; l’intérieur, précédé d’un narthex, a trois nefs, au-dessus desquelles une galerie de femmes court.
La mosaïque dans l’abside est un splendide témoignage de l’art de la mosaïque romaine du début du Moyen Âge : elle représente Agnès entre le pape Honorius, qui porte un modèle de l’église dans sa main, et, probablement, le pape Symmaque.